永乐皇帝定都北京后，钦定百官依职掌权力划分，共有九大衙门，九小衙门。九大衙门是吏户礼兵刑工六部加上都察院、通政司和大理寺；九小衙门依次是詹事府、太常寺、太仆寺、光禄寺、鸿胪寺、翰林院、国子监、尚宝司和苑马寺。九大衙门的掌印者，习惯上称为大九卿。九小衙门的主管，俗称小九卿。这十八衙门组成了一个完整的中央政府管理机构。所谓内阁首辅，自孝宗时代起，实际上就是代表皇上，通过这十八个衙门行使管理国家的权力。任何首辅上任要做的第一件事，就是治理整顿这十八个衙门，物色堂官人选，张居正也不例外。