但是祛魅作为一种理性化的取向，要考问的是所有超验的、神秘的东西，这个逻辑链条一展开，是不会停止的。所以祛魅的第二阶段很快就转向了宗教本身。 我们知道，现代科学是理性化活动最典型的体现，依靠冷静的观察、可靠的证据、严谨的逻辑和清晰的论证。科学得出来的结论，是可观察、可检验、可质疑、可反驳、可修正的，它在根本上抵制一切神秘和超验之物。这个逻辑发展下去，最后还是会挑战宗教的精神主导地位。到尼采喊出来“上帝死了”这句话的时候，这个挑战也就基本完成了。